恒溫培養搖床溫度對發酵的影響是多方面的，微生物發酵即是指利用微生物，在適宜的條件下，將原料經過特定的代謝途徑轉化為人類所需要的產物的過程。微生物發酵生產水平主要取決于菌種本身的遺傳特性和培養條件。
一般來說影響菌類的產量的條件有：碳源、pH和培養時間、發酵溫度，搖床轉速振幅等。其中碳源PH值等因素靠培養基來決定，發酵溫度和搖床轉速振幅就需要恒溫培養搖床來實現了。
1、溫度對發酵產生的孢數和活菌數有十分顯著的影響。微生物一般的存活溫度在20到35攝氏度，過高過低的溫度都會導致菌類失活，甚至死亡。從酶反應動力學來看，溫度升高，反應速度加大，生長代謝加快，產物生成提前。但是，溫度愈高酶失活愈快，菌體易于衰老，影響產物的生成。
2、同一菌類生長和積累代謝產物所需的溫度也不同。比如，適合青霉素產生菌生長的溫度為30℃，而產生青霉素的適溫度為25℃。黑曲霉生長溫度為37℃，產生糖化酶和檸檬酸時都在32～34℃。這就需要根據生產所需產物的不同來調節溫度，以及在生產的不同階段設定不同的溫度。
3、溫度還能影響酶系組成及酶的特性。例如55℃恒溫培養搖床所產生的酶在90℃保持60min，其剩余活性為88%～99%;在35℃培養所產生的酶，經相同條件處理，剩余活性僅有6%-10%。
4、不同的溫度對菌類產生的代謝產物也有不同的影響。如利用金霉素鏈霉菌NRRLB-1287進行四環素發酵，當發酵溫度設置在30℃以下，會導致金霉素合成增多。當我們提高發酵溫度時，則有利于四環素的合成。在35℃時，金霉素鏈霉菌只產出四環素，幾乎停止合成金霉素。
5、溫度還會影響發酵液的物理性質，如發酵液的黏度、基質和氧在發酵液中的溶解度和傳遞速率、某些基質的分解和吸收速率等。發酵溫度通過對上述條件的影響，從而影響發酵的動力學特性和產物的生物合成。
因此，在發酵過程中需要維持適當的溫度，才能使菌體生長和代謝產物的合成順利進行。在選擇恒溫培養搖床時，對溫度的精確控制就成為選擇的重要參數之一。
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